Коноха.

После смерти Сарутоби Хирузена, Третьего Хокаге, встаёт вопрос о новом правителе, Джирайя захватив с собой Наруто, отправляется на поиски Цунаде, а в это время Данзо обманом захватывает власть в селении. Воспользовавшись своим положением, первым делом он ликвидирует обычное АНБУ, все полномочия переходят к "Корню". Затем он обвиняет Джирайю, Цунаде и Наруто в измене и издаёт негласный приказ - по возвращении в деревню их должны немедленно взять под стражу, многие шиноби остаются недовольны, но поделать ничего не могут. Атмосфера в мире сразу накаляется, все прекрасно понимают, что из себя представляет Данзо, Коноха теряет последних союзников. Наруто, наслушавшись про Акацуки, джинчурики и их биджу, решает создать альянс всех джинчурики, чтобы дать отпор организации Красной Луны, Джирайя лишь посмеивается над таким планом, но Наруто полон решимости.

Суна.

Отношения Конохи с Суной портятся, так как Гаара, назначенный Казекаге, недоволен политикой Данзо. Суне приходится наращивать свой военный потенциал, усиленно тренируя молодых бойцов. Гаара с большим трудом учиться унимать запредельную жажду крови однохвостого. Всё это время шпионы Акацуки тайно следят за молодым правителем, как впрочем и за остальными Каге.

Кири.

Мизукаге всерьёз берётся за восстановление былого могущества селения. Выходит тайный приказ - в кратчайшие сроки вернуть всех биджу обратно в деревню. Несколько отрядов специально подготовленных АНБУ отправляются на поиски Утакаты, и ещё один отряд отправляется на поиски трёххвостого демона, который находится вне тела своего джинчурики.

Кумо.

Райкаге созревает для очередной попытки похитить бьякуган, для этого организует вторую "дипломатическую" миссию, под предлогом установления более тесных и дружественных отношений. В составе делегации каждому шиноби отведена особая роль. В селении готовится к возможной войне с Листом. Нии Югито и Киллер Би, проводят совместные тренировки, дабы усилить связи со своими биджу, после нескольких недель носитель восьмихвостого не выдерживает и решает незаметно слинять, дабы развеяться.

Тсучи.

Скрытый Камень сейчас слабее чем когда-либо, старик Ооноки сохраняет поистине каменное спокойствие, и в случае чего, решает просто прибегнуть к помощи Акацуки, и не подозревая о том, в какую ловушку он себя загоняет.

Ото.

После убийства Третьего Хокаге, Орочимару понимает, что силами двух маленьких скрытых деревень уничтожить Коноху не удастся, поэтому оправившись после поражения, начинает, не без помощи примкнувшего к нему Саске, постепенно брать под контроль другие мелкие скрытые селения. Спустя пару лет под его полным контролем находятся Таки и Куса, а вот Саске явно начинает выходить из под контроля.

Акацуки.

Ни один джинчурики ещё не пойман, на данном этапе идёт сбор информации. Пейн начинает понимать, что у Мадары какие-то свои планы, в которые Нагато может даже и не входит, но до открытого противостояния дело ещё не дошло. Тем временем Мадара принимает решение убить пятерых Каге, при этом подставив другие деревни, так будет проще развязать войну и в суматохе захватить всех биджу, за правителями селений установлена слежка. Для этой цели используются белые Зецу, принявшие вид обычных шиноби.